利用Galaxy与高性能计算集群构建本地化一站式生物信息学平台

作者：王小磊 ; 李江域 ; 毛逸清 ; 刘阳 ; 王玉峰 ; 赵东升

摘要：目的构建本地化的高性能一站式数据分析平台，为生物医学研究的相关科研人员提供便捷高效的计算分析服务。方法将Galaxy软件部署在计算集群上，集成工具软件和数据集；利用分布式资源管理应用接口（DRMAA）实现与SunGridEngine的协同运作，自动调度和分配计算资源；并在集群上构建稳定的weh服务、FrP服务和管理数据库。结果该平台已投入试运行并在不断完善，峰值计算能力达到每秒lO万亿次，存储容量为40TB，提供序列比对、短串映射、基因注释、转录组分析、宏基因组分析及进化分析等多种功能，以及容量约为700GB的人类基因组、病毒、细菌、真菌等参考数据库。结论该平台具备大规模数据分析的能力，能够解决高通量测序所带来的海量生物数据的存储与处理等问题。与在普通服务器上进行数据分析相比，该平台的计算集群能极大地加快数据处理过程，提高研究效率。

关键字：本地化一站式生物信息学 Galaxy 在线分析高性能计算

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